Basketball hat beim FC Bayern München eine lange Tradition. Bereits 1946 wurde die Abteilung vom deutschen Basketball-Pionier Franz Kronberger gegründet. Der Grundstein für Basketball beim FC Bayern war gelegt und die ersten Erfolge ließen nicht allzu lange auf sich warten: 1954 feierte der FC Bayern Basketball in Heidelberg den Gewinn der deutschen Meisterschaft, ein Jahr später gelang der Mannschaft um Franz Kronberger in Berlin die Titelverteidigung.
Mit dem Pokalsieg 1968 konnten die Bayern einen weiteren nationalen Titelgewinn in ihrer frühen Vereinsgeschichte verzeichnen. Klaus Schulz (geb. am 26.5.1936) führte den FC Bayern in der Saison 1967/68 zum ersten Pokalsieg und ist eine der prägendsten Figuren der deutschen Basketballgeschichte. Nach acht Jahren im Basketball-Oberhaus folgte 1974 der schwere Gang in die Regionalliga. Erst 1982 gelang den Bayern der Sprung in die zweite Liga, in der sie als Aufsteiger den zweiten Tabellenplatz nach der Hauptrunde erreichten. Insgesamt fünf Jahre kämpften die Bayern um die Rückkehr auf die Erstliga-Bühne.
Zum Ende der Saison 2007/08 wurden dann aber die Weichen einer neuen Zeitrechnung für den Basketballsport beim FC Bayern gestellt. Als Regionalliga-Meister erhielten die Münchner die Spielberechtigung für die zweitklassige ProA – und die Idee, Spitzenbasketball in München zu etablieren, nahm allmählich konkrete Formen an: Bei einer Mitgliederbefragung im Frühjahr 2010 stimmte eine überwältigende Mehrheit dafür, Basketball künftig als zweiten Sport im Verein neben Fußball zu unterstützen.
In der Saison 2010/11 wurde die „Mission Aufstieg“ in Angriff genommen, als Spielstätte diente die Eissporthalle im Olympiapark. Headcoach Dirk Bauermann, damals noch Bundestrainer, sowie die Nationalspieler Steffen Hamann und Demond Greene wurden verpflichtet, um das Ziel zu erreichen, mit Erfolg: Bereits sieben Spieltage vor Saisonende standen die Bayern als ProA-Champion fest.
In der ersten BBL-Saison 2011/12 gelang den Bayern als Neuling mit Rang fünf nach der Hauptrunde gleich der Sprung in die Playoffs, wo sie sich in einer dramatischen Serie über fünf Spiele gegen die Artland Dragons im Viertelfinale geschlagen geben mussten.
In die Spielzeit 2013/14 startete ein verstärktes Bayern-Team mit dem Ziel, um die deutsche Meisterschaft mitspielen zu wollen. Zudem erhielt der FCBB von der EuroLeague eine Wildcard zur Teilnahme an der Königsklasse zugesprochen. Die Mannschaft um Chefcoach Svetislav Pesic meisterte sprichwörtlich das enorme Pensum: Nach 34 Spieltagen der Bundesliga-Hauptrunde erreichten die Münchner souverän den ersten Platz und sicherten sich damit zum ersten Mal die beste Ausgangslage für die Playoffs.
Vor 13.434 Zuschauern in der Arena am Berliner Ostbahnhof, darunter mehr als 500 mitgereiste Bayern-Fans, triumphierten die Gäste am 18. Juni 2014 mit 75:62 Punkten und feierten überschwänglich den ersten Gewinn der deutschen Meisterschaft seit 59 Jahren.
Des Weiteren geht mit dem Double-Gewinn die Spielzeit 2017/18 als die erfolgreichste Saison der Vereinsgeschichte zu Ende. Das Team setzte sich bereits im Februar im Finalkrimi des Top-Four-Turniers in Neu-Ulm gegen Alba Berlin 80:75 (36:38) durch und holte sich erstmals seit 50 Jahren wieder den Pokal. Gegen Alba Berlin, kam es dann am 16. Juni zum Showdown im Audi Dome, den der Pokalsieger und Hauptrunden-Gewinner mit 106:85 Punkten eindrucksvoll für sich entscheiden konnte und somit zum vierten Mal in der Vereinshistorie die Deutsche Meisterschaft feierte. Unterdessen gelang den Münchnern 2019 die Titelverteidigung, 2021 standen sie als erstes deutsches Team in den Playoffs der Turkish Airlines EuroLeague, wurden Pokalsieger und konnten 2023 den Pokal erneut mit nach Hause bringen.
Im Vergleich steht es für die Barockstädter gegen den FC Bayern Basketball nicht sonderlich gut. Auch wenn die Schwaben das letzte Heimspiel beeindruckend mit 96:68 gewinnen konnten, haben sie doch aus insgesamt 44 ausgetragenen Partien zwischen den beiden Teams, lediglich zwölf für sich entscheiden können. Der große Coup bleibt also noch abzuwarten und ob die King-Truppe jenes Spektakel wiederholen kann.